Existen vestigios de asentamientos en la zona muy antiguos, de hecho, la necrópolis del Alcaide, situada en los límites del termino de Antequera a unos 3 km. de la localidad, data del período calcolítico y constituye un conjunto de tumbas excavadas en la roca de 3500 años de antigüedad.
Estos enterramientos colectivos nos han dejado restos de un interesante ajuar funerario, compuesto en su mayoría por recipientes de cerámica hechos a mano y de variadas formas, y las puntas de flecha talladas en sílex. En menor cantidad se encuentran objetos de cobre. Estos restos nos permiten aproximarnos a la cronología de estas cuevas, que se extendería a lo largo de parte de la Edad del Cobre y las primeras fases de la Edad del Bronce, es decir entre el 2300-2200 antes de Cristo aproximadamente.
“Yacimiento La Villeta”
Ya dentro de nuestro término y ocupando toda la zona de la Villeta, se ha detectado la presencia de un taller lítico encuadrado en una secuencia cultural del Calcolítico-Bronce.
Sus restos materiales vienen representados por una serie de núcleos, lascas, etc., así como una gran proporción de restos de talla, todo ello en sílex de buena calidad y coloración variada procedente de otro lugar.
En lo alto del Cerro de la Villeta, dominando toda la zona circundante, se ubican una serie de estructuras muradas, formadas por materiales de piedra arenisca de mediano y pequeño tamaño, sin trabajar y unidas a seco. Todas ellas parecen circunvalar la cima y son visibles un par de recintos.
Los fragmentos abundantes de cerámica confeccionada a mano, sin restos de decoración, pueden ser indicadores de un pequeño recinto fortificado de época contemporánea a las Cuevas del Alcaide.
De lo expuesto anteriormente cabe deducir que nos encontramos ante una zona de indudable interés poblacional y que va a ser el germen de nuestro futuro pueblo.
Los abundantes vestigios arqueológicos encontrados nos hacen pensar en la implantación de un núcleo poblacional muy acusado en un espacio rico en recursos hidráulicos, muy cerca del arroyo Burriana, y agrícolas que hicieron de éste un excelente lugar para la ubicación de un hábitat que, desde la época prehistórica, se ha venido manteniendo hasta nuestros días.
Restos arqueológicos documentados nos trasladan ya a la época romana, siendo numerosos los lugares donde se ubicarían estos primitivos pobladores: lAtalaya, Zamarra, las canteras de las Peñas, riberas de los arroyos, etc.
A través de los restos de "Tegulae", cerámica romana hallada en el paraje de la Villeta, se constata también la presencia de un asentamiento romano.
Merece la pena destacar un herma dionisíaco encontrado al realizar la demolición de una casa situada en el barrio de la Atalaya y que por sus cualidades artísticas debió pertenecer a algún taller provincial de época bajoimperial.
“Iglesia Rupestre y Puente del Arroyo del Bebedero”
Pero es junto al Convento de los Recoletos donde encontramos uno de los restos más interesantes de la población. Se trata de un conjunto mozárabe compuesto por tres dependencias excavadas en la roca, destinadas a usos religiosos y ocupadas por los ermitaños y anacoretas citados en las Crónicas Franciscanas que dan cuenta de la fundación del Convento. El conjunto data del s.IX o X según la mayoría de los historiadores. En los alrededores de estas construcciones se encuentra el Puente del Arroyo del Bebedero, que conectaba los núcleos de la Atalaya y la Rincona, dicho puente data de la época bajo medieval y fue construido por los propios ermitaños.
“Convento de Recoletos y orígenes del municipio”
El Convento de Recoletos de San Francisco de Asís, titulado de Nuestra Señora de la Consolación de las Algaidas, fue fundado por el primer Duque de Osuna, don Pedro Téllez Girón, en el año 1566, dotándolo de un "situado diario de pan". El día 30 de noviembre del citado año, fue concedida la licencia para la fundación por el entonces Obispo de la Diócesis de Málaga don Francisco Blanco y Salcedo.
Su principal medio de vida residía en los bosques que circundaban el entorno y con el que surtían de madera a la Marina Española, además del aprovechamiento de la bellota.
El orígen del nombre de la nueva villa de las Algaidas está muy claro: es un vocablo árabe que significa bosque, para algunos arabistas tupido, espeso, y para otros monte verde o alegre. El topónimo traducido correctamente sería Villanueva de los Bosques.
El cuidado y explotación de los bosques era la principal y más lucrativa tarea de los lugareños. En el año 1628, según las crónicas, peligró la riqueza forestal a causa de un gusano que se cebaba en los árboles de bellota. Se acudió a los servicios de los franciscanos, que dieron la fórmula para luchar contra el mal como en otras ocasiones había ocurrido. El remedio, seguido de un conjuro, no erradicó la enfermedad. Unos años más tarde se reprodujo, recurriéndose entonces a las buenas artes de otro franciscano, fray Juan de Castro.
La intervención de fray Juan fue decisiva, erradicando la plaga. El viejo bosque fue dejando claros en los que surgieron los siete núcleos que posteriormente se juntarían formando lo que hoy se conoce por Villanueva de Algaidas. Estos núcleos eran los de la Rincona, la Atalaya, Zamarra, el Albaicín, Barranco del Agua, Solana y la Parrilla.
Poco a poco fue aumentando el número de viviendas que, con el tiempo, iban a dar lugar a un nuevo municipio. Sin embargo las nuevas casas no se hicieron alrededor de donde tenían su residencia los Padres Recoletos, sino en el paraje ubicado más arriba, donde hoy se asienta nuestro pueblo.
Con relación a la actual Villa Nueva de Algaidas, cabe decir que, en carta del Duque de Osuna dirigida a la villa de Archidona en 27 de enero de 1761, se ordenó que se le mandasen dos nombres para elegir el que había de ser regidor de aquella barriada, ya que este cargo era necesario por haber en aquel partido más de doscientos moradores. En cabildo 3 de febrero de 1761 fueron propuestos Francisco Aguilera y Fernando Guerrero, el cual resultó ser elegido.
En el año 1825 fueron expulsados los monjes del Convento y el 1 de julio de 1826, el Obispo Fr. Manuel Martínez Ferro, religioso mercedario, firmó la creación de la nueva parroquia, desmembrándola de la de Archidona y dándole por sede la iglesia conventual de Nuestra Señora de la Consolación de las Algaidas.
En el Libro de Actas Capitulares de Archidona hay una certificación de la Comisión conferida por la Excma. Diputación Provincial para la separación y señalamiento de término de la población de Algaidas, de fecha 26 de agosto de 1843.
En dicha certificación consta que en la mañana de dicho, en una de las salas del extinguido Convento de San Francisco, Parroquia de la Consolación en aquel entonces, se reunieron las comisiones nombradas por los dos ayuntamientos, juntamente con el alcalde de Antequera, con objeto de acordar el deslinde de ambos pueblos y es asi como dicho día es considerado como el del nacimiento de este municipio.